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Proteomics spiced with AI

In diesem Praktikum werden wir am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS (www.openms.de) realitätsnah ein C++ Programmierprojekt bearbeiten und dabei Algorithmen, Datenstrukturen reimplementieren oder neu entwickeln -- je nach Teilprojekt mit einem Fokus auf performanten Code.

Dabei werden wir moderne Tools zur Entwicklung (AI Agents), Debugging, Performance-Profiling, Source-Code Management im Team und Continuous-Integration kennen lernen.

Zentraler Baustein wird die Einarbeitung und Benutzung von AI Agents sein. Das ist sinnvoll für die Exploration der bestehenden Bibliothek, zur Ideengenerierung und sogar zur Erstellung von ersten vollständigen Code-Prototypen. 

Wir werden ergründen, wie sich AI Prompting und ggf. auch die Wahl des Agents auf die Qualität des Ergebnisses auswirken.

OpenMS ist eine der meistverwendeten Softwarebibliotheken zur Analyse von Massenspektrometriedaten und verfügt über eine sehr umfassende Sammlung an schnellen und effizienten Algorithmen. OpenMS wird ständig weiterentwickelt und auch kommerziell genutzt.

Spass an C++ ist ein Muss :), d.h. AlBi 1 sollte erfolgreich abgeschlossen sein.

Der Besuch der dritten Kurswoche des C++ Blockkurses WiSe 2025/26 Ende Februar kann als Auffrischung benutzt werden.

Projektvorstellung für das OpenMS Softwarepraktikum:

Es wird eine Projektvorstellung geben, die auf den Inhalt und Organisatorisches genauer eingeht und evtl. als Entscheidungshilfe bei der Projektwahl dienen kann. Alle Studierenden sind herzlich dazu eingeladen. Die Anwesenheit ist optional.

Datum: 16.01.2026

Uhrzeit: 09:30 s.t.

Ort: Webex https://fu-berlin.webex.com/fu-berlin-en/j.php?MTID=m9b2134ce7b5f7045e0c581aa33ceb901

(19403413)

TypeSoftwarepraktikum
InstructorChris Bielow
Semester6
Scope of Course
Registration Mode

Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.

Allgemein

Zu den unten genannten Terminen gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann in selbständiger Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.

Während dieser Zeit treffen sich die Teilnehmer mehrmals wöchentlich mit ihrem Betreuer und arbeiten eng mit den anderen Teilnehmern zusammen.

Voraussetzungen

  • Spass an objektorientierter Programmierung (Java, C++, ...) 
  • C++ Kenntnisse  (C++11 und höher aber wenig Templates) 
  • Spass am Experimentieren mit AI Agents (Copilot, Gemini, Claude, ChatGPT, ...)

Zeitplan

Datum Termin/Dauer Ort

Inhalt

16. Januar 09:30, 15 Minuten WebEx

Projektvorstellung (freiwillig) - als Entscheidungshilfe

https://fu-berlin.webex.com/fu-berlin-en/j.php?MTID=m9b2134ce7b5f7045e0c581aa33ceb901

Mitte-Ende Februar  ?  tbd  Vorbesprechung (Zeitpunkt flexibel verschiebbar +-2 Wochen); genaue Terminabstimmung per Email
30.03. - 03.04. 10 -  ca 16 Uhr tbd Tutorials / Einführungswoche
 06.04. - 22.05.  ... ... Praktikumszeit
  Freitags
10 - 12
tbd

Wöchentliche Treffen begleitend zur Programmierarbeit und Anfertigung des Berichts

29. Mai 10 - 12 tbd  Vorstellung der Ergebnisse

Ressourcen

  • tbd

C++

OpenMS