In diesem Praktikum werden Algorithmen für die Qualitätskontrolle zur Analyse von Massenspektrometrie Daten mit Hilfe der Software-Bibliothek OpenMS implementiert. Mithilfe der zu implementierenden C++ Module werden Qualitätsmetriken in bestehenden komplexen Analyse-Pipelines für Proteomdaten gesammelt. Der Fokus liegt auf der Entwicklung effizienter Algorithmen und deren Schnittstellen zu bestehenden Tools in einer großen, bestehenden Softwarebibliothek.

Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling und Continuous-Integration durch Tests kennen lernen.

Gute Kenntnisse in C++ werden vorausgesetzt (der Besuch des C++ Blockkurses ab 25.02.2019 wird als Auffrischung empfohlen).

Allgemein

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann in selbständiger Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.

Während dieser Zeit treffen sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer.

Voraussetzungen

• Erfahrung in objektorientierter Programmierung (Java, C++, ...) 
• C++ Kenntnisse empfehlenswert (wenig Templates) 

• R Grundwissen (ggplot2 etc) empfehlenswert (für die spätere Visualisierung der Metriken; Konzentration auf einen der beiden Schwerpunkte (Implementierung, Visualisierung) möglich).

Zeitplan

Datum	Termin/Dauer	Ort	Inhalt
22.2. oder 25.2.	?	tbd	Vorbesprechung (Zeitpunkt flexibel verschiebbar +-2 Wochen); genaue Terminabstimmung per Email
11.3. - 15.3.	9 -  ?	tbd	Tutorials / Einführungswoche
...	...	...	Ausarbeitung der Projektpläne (selbstständig)
22.3.	9 - 12	tbd	Vorstellung der Projektpläne
23.3. - 03.5.	Freitags 10 - 12	tbd	Wöchentliche Treffen begleitend zur selbstständigen Programmierarbeit und Anfertigung des Berichts
10.5.	9 - 12	tbd	Vorstellung der Ergebnisse

Ressourcen

Projektvorstellung

• Projektvorstellung vom als PDF.
  

C++

• A Tour of C++

OpenMS

• http://www.openms.de

KNIME

• www.knime.org