In diesem Praktikum werden Algorithmen für die Qualitätskontrolle zur Analyse von Massenspektrometrie Daten mit Hilfe der Software-Bibliothek OpenMS implementiert. Mithilfe der zu implementierenden C++ Module werden Qualitätsmetriken in bestehenden komplexen Analyse-Pipelines für Proteomdaten gesammelt. Der Fokus liegt auf der Entwicklung effizienter Algorithmen und deren Schnittstellen zu ...
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Galaxy, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow ...
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
This seminar will cover central aspects of modern bottom-up proteome analysis by mass spectrometry with a focus on bioinformatic algorithms and data analysis. Covered topics will include isotope model calculation, identification of mass spectra, false-discovery-rate estimation using decoy peptides, absolute and relative quantification of proteins and correlation between mRNA and protein ...
In diesem Praktikum werden Kenntnisse für die Optimierung von C++ Programmen (Laufzeit) vermittelt und praktisch am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS umgesetzt. Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling und Continuous-Integration kennen lernen. Gute Kenntnisse in C++ werden vorausgesetzt (der Besuch des C++ Blockkurses ab 24.02.2020 kann als ...
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In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden eine umfassende Analyse Pipeline nach wissenschaftlichen Standards implementieren um damit aktuelle wissenschafliche Projekte in unserer Gruppe zu unterstützen. Sie lernen dabei die Arbeit des Bioinformatikers im Kontext eines Forschungsprojektes kennen, treten ...
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In diesem Praktikum werden wir am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS ( www.openms.de ) realitaetsnah ein C++ Programmierprojekt bearbeiten und dabei Algorithmen, Datenstrukturen und evtl. grafische Benutzerinterfaces reimplementieren oder neu entwicklen. Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling, Source-Code Management im Team und ...
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In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden eine umfassende Analyse Pipeline nach wissenschaftlichen Standards implementieren um damit aktuelle wissenschafliche Projekte in unserer Gruppe zu unterstützen. Sie lernen dabei die Arbeit des Bioinformatikers im Kontext eines Forschungsprojektes kennen, treten ...
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Students will be introduced to two software libraries in the field of -omics research (SeqAn and OpenMS) and how to rapidly implement efficient algorithms for -omics data. In addition we will work with the data analytics platform KNIME. After getting acquainted with the libraries students will work and extend production grade -omics workflows
In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Analyse von Massenspektrometrie Daten implementiert, und zwar im Rahmen der Software-Bibliothek OpenMS, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Mithilfe der zu implementierenden Module werden komplexe Analyse-Pipelines für Proteom/Metabolom Daten in KNIME realisiert. Gute Kenntnisse in C/C++ werden vorausgesetzt.
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In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Galaxy, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow ...
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
This seminar will cover central aspects of modern bottom-up proteome analysis by mass spectrometry with a focus on bioinformatic algorithms and data analysis. Covered topics will include isotope model calculation, identification of mass spectra, false-discovery-rate estimation using decoy peptides, absolute and relative quantification of proteins and correlation between mRNA and protein ...
After an introduction to programming language (C++) and tools, we will emphasize programming skills based on the algorithms introduced in the corresponding lecture.
In diesem Praktikum werden wir am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS ( www.openms.de ) realitaetsnah ein C++ Programmierprojekt bearbeiten und dabei Algorithmen, Datenstrukturen und evtl. grafische Benutzerinterfaces reimplementieren oder neu entwicklen. Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling, Source-Code Management im Team und ...
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden eine umfassende Analyse Pipeline nach wissenschaftlichen Standards implementieren um damit aktuelle wissenschafliche Projekte in unserer Gruppe zu unterstützen. Sie lernen dabei die Arbeit des Bioinformatikers im Kontext eines Forschungsprojektes kennen, treten ...
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Analyse von Massenspektrometrie Daten implementiert, und zwar im Rahmen der Software-Bibliothek OpenMS, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Mithilfe der zu implementierenden Module werden komplexe Analyse-Pipelines für Proteom/Metabolom Daten in KNIME realisiert. Gute Kenntnisse in C/C++ werden vorausgesetzt.
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Der Kurs wird als Blockkurs über drei Wochen in der Zeit vom 24.7.2017 - 11.8.2017 abgehalten. Jeden Tag findet zunächst eine zweistündige, theoretische Einführung statt. Anschließend wird in einer doppelstündigen Übung die Theorie in die Praxis umgesetzt, (in der Form von Programmieraufgaben, 3-4 Teilaufgaben pro Tag). Der Kurs richtet sich an Studierende mit wenigen oder keinen ...
